什么是SURESELECT^{XT HS}？

SureSelectXT HS 试剂盒作为安捷伦灵敏度高的杂交捕获型文库制备和 用于 NGS 的靶向序列捕获解决方案，成为了 SureSelect 文库制备试剂 家族中的成员。

———————————————-主要特征—————————————

• DNA 起始量 10 ng

• 针对高质量完整 DNA 以及低质量和高质量 FFPE DNA 进行了优化

• 分子条形码 (MBC) 标记文库可提高阳性预测值 (PPV)

• 复杂度更高的文库，在靶标区域中的读出序列百分比更高

•90 分钟杂交和反应预混试剂，实现更快速更高效的工作流程

FFPE 优化文库制备的重要性

尽管 FFPE 样品为多种遗传信息提供了有价值的来源，但从 FFPE 组织中分离 DNA 的难题 在于纯化足够分子量的 DNA 以及达到一定的扩增和检测质量。通常而言，当 FFPE DNA 制备出来用于文库生成时，其降解程度已过高而无法用于高灵敏度的 NGS。因此，有 必要通过优化文库制备与尽量减少步骤数降低样品损失，并从挑战性样品类型中获得 高质量文库。

针对 FFPE 优化的安捷伦文库制备

对于新鲜样品与 FFPE 样品中的多种组织类型，SureSelectXT HS 仅用 10-200 ng 起始原料即 可生成靶标区域读出序列百分比较高的更复杂文库。为改善不同质量 FFPE 样品单核苷 酸变异 (SNV) 的识别和一致性，安捷伦已开发出一款完整的工作流程解决方案，该方 案具有 DNA 质量预评估（FFPE QC 试剂盒，部件号 G9700A 和 G9700B 以及 4200 TapeStation 系统）和单管文库制备功能。

图 1. SureSelectXT HS 已针对 FFPE 进行了性能优化，在质量逐渐降低的样品中多数碱基覆盖率达到了 20X。 将测序深度越来越高的 20X 以上读取深度覆盖（4 百万到 8 百万 – 2×100 bp 读出序列）的碱基百分比相对于 gDNA 质量（基于 qPCR 的 gDNA 质量 (ddCq)，并用安捷伦 FFPE QC 检测试剂盒进行计算）作图

图 2. SureSelectXT HS 在 100X 覆盖率下优于其他文库制备解决方案，尤其是在样品质量下降时：根据 8 百万 – 2×100 bp 读出序列的 1000X 测序深度，将 100X 以上读取深度覆盖的碱基百分比相对于质量越来越低的 gDNA （基于 qPCR 的 gDNA 质量 (ddCq)，并用安捷伦 FFPE QC 检测试剂盒进行计算）作图

高灵敏度的重要性

灵敏度指的是得到正确鉴定的真实变异的百分比。在大多数情况下，灵敏度受到起始 量、检测性能以及 PCR 与测序错误率的限制。因此，传统 NGS 检测的错误水平通常会 由于肿瘤异质性而影响低频变异的检测可信度。

SureSelectXT HS 的出色灵敏度

SureSelectXT HS 中包括的分子条形码可帮助用户在文库制备、靶向序列捕获和测序等可能 产生假阳性变异的过程中过滤出假阳性结果。SureSelectXT HS 中的分子条形码对罕见变异的检测频率低至 ≤ 1%。多数用户采用置信阈值且仅对等 位基因频率高于 3%-5% 的变异进行识别，因此这一性能十分重要。

图 3. 等位基因频率低至 1% 时的检测结果。SureSelectXT HS 生成的文库在测序深度 3000X 时，即使在 VAF 频率低至 1% 时观测值和频率预计值之间也具有高度关联性（HD200 定量多重参考标样和 ClearSeq 综合癌症基因组合）

什么是分子条形码？

分子条形码是独特的 DNA 序列，它附着在给定样品中的每个原始 DNA 上。这些独 特的 DNA 序列包含随机的核苷酸、部分简并核苷酸或核苷酸。分子条形码附着在 DNA 上，为每个起始分子分配独特的识别码。

分子条形码为何如此重要？

PCR 扩增和测序过程中引入的错误提高了原始 DNA 模板的整体错误率。这些错误或假 阳性结果降低了样品中低水平真实突变的灵敏度。这个问题尤其容易发生在某些肿瘤 亚群等异质性更高的细胞群中。分子条形码通过消除假阳性结果并提供误差校正以实 现更准确的变异识别，帮助用户检测模板 DNA 分子中的低频突变。

图 4. 利用分子条形码 (MBC) 分析提高数据质量。对 Horizon cfDNA 参照和定制 164 kb SureSelect 基因组合构建的 SureSelectXT HS 文库进行靶向测序，在去冗余后达到了 808（标准）/906 (MBC) 的中等覆盖率。经过标准去冗余 后，在小于 2% 的变异等位基因频率下检测出 216 个非参照等位基因，而采用 MBC 得到的这一数字仅为 18。这表明错误识别减少了 92%。数据结果由英国伦敦癌症研究所演化和癌症中心的 L.J. Barber 博士和 M. Gerlinger 博士提供

SureSelectXT HS 可减少单独酶法步骤、清除步骤和样品转移，使用户简化工作流程并维 持文库复杂度，在较低起始量（低至 10 ng）下更是如此。我们的 90 分钟杂交与更高效的反应预混试剂结合使用，可使用户 在一天内完成从样品处理到生成待测序文库的过程。此外，工作流程支持在一次混 合中对最多 32 个样品进行深度多重测序。

优点

• 90 分钟杂交和反应预 混试剂有助于更快速 更高效地处理样品

• 在不到一天的时间内 将样品转化为待测序 文库

• Agilent SureCall 软件有 助于简化数据分析 简化的工作流程有助于加快分析速度

SureSelect 文库制备与靶向序列捕获解决方案

安捷伦公司具有多种文库制备和靶向序列捕获解决方案，适用于癌症和遗传性疾病应 用。无论 DNA 起始量低至 10 ng 或高达 3 µg，文库制备和靶向序列捕获解决方案均可与 ClearSeq 基因组合、SureSelect 外显子组或定制基因组合完美匹配。