2019年底突如其来的新型冠状病毒，让我们再次认识到了广泛分布且种类繁多的病原微生物对人类的威胁。面对一场突如其来的疫情，既要采用科学的手段快速发现并认识病原微生物，同时也要基于科学的认识制定可行的临床检测和治疗方案。

2020年3月3日国家卫生健康委员会发布了《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（第七版）》中明确增加了采取一系列预防控制和医疗救治措施，在病原学检测方面，增加“采用RT-PCR或/和NGS方法”进行核酸检测来进行诊断，华雅思创生物作为生物试剂行业内的一员，愿推出高品质、高稳定性、高性价比的产品，为战胜疫情贡献绵薄之力。

新兴的高通量基因测序技术通过直接对病毒基因组进行全面分析，对于2019-nCoV的首先确认、动态分析、进化来源以及致病机制、传播途径研究等具备了无可比拟的优势。

2 月 3 日，复旦大学张永振教授团队对患者支气管肺泡灌洗液进行了宏基因组二代测序（mNGS），鉴定出了一种新型冠状病毒，并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的 SARS 样冠状病毒基因组有 89.1% 的相似性。

2 月 20 日，bioRxiv 平台发布了华南农业大学沈永义教授、肖立华教授团队通过对穿山甲样品进行宏基因组分析，该团队发现穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主。

什么是宏基因组二代测序

所谓宏基因组二代测序，是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析临床样本微生物组（细菌、真菌、病毒）的高通量测序方法。

传统的检测方法在敏感性，特异性，时效性，信息量等方面存在局限，而且对于未知或者罕见的病原微生物，无法快速识别。而mNGS从取样，核酸提取及建库到测序、生信分析及报告，整个过程约24小时。

目前该技术已经纳入的病原体有8000多种，其中包括3000余种细菌，4000余种病毒，200 余种真菌和140种寄生虫，为疑难危重症及罕见病原微生物感染的诊断提供了有效的技术手段。

宏基因组二代测序的检测流程可以大致分为5个步骤：核酸提取、文库构建、上机测序、生物信息学分析与报告解读。

基因测序是能够动态追踪病毒变异的唯一方法。具体来看，对于不同的临床样本，核酸提取前需要进行不同的前处理，比如痰液液化、破壁、去宿主等以提高病原体检出率。RNA转录本身有更高的丰度和复杂度，又容易降解，需要在文库构建前进行逆转录，生成 cDNA。文库构建的目的在于给未知序列的核酸片段两端加上已知序列信息的接头以便于测序，单样本文库构建完成后需要经历 PCR 扩增、再将多个文库样本混合后进行测序。

新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案中阐述的病例确诊方式就包括“呼吸道标本或血液标本病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源”，相较于RT-PCR检测，基因测序能够动态监测病毒变异，在准确性和通量上也具有优势。

考虑到病原体随时会有变异可能以及阳性检出率问题，NGS技术无疑会弥补这一缺陷，制备高质量的RNA文库至关重要。

Illumina作为测序行业的龙头企业，所占市场份额达70%，2006年收购Solexa公司，获得新一代高通量测序技术，从而成为目前市场上的主流测序技术公司，Illumina测序绝对是主导地位的，几乎没有其他的公司可以撼动它。华雅思创生物提供基于 Illumina平台的高效测序试剂盒。

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